基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序

2018-10-22

A.从实际情况来看,虽然目前大家运用测序平台进行检测的势头越来越高,但是,在样本量大的情况下,特别在临床研究中,芯片由于检测速度快,数据处理简单快捷而受欢迎。相比而言,测序由于目前的分析方法的复杂与数据分析策略的多样性而稍逊风骚。

基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序
基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序

B.有关这两个技术的官方研究比较主要基于SEQC项目。从SEQC发表的有关两种平台对于疾病预后预测,安全性评价,基因标签可转移性等角度的研究可以看到,芯片和测序的检测效果是类似的,具有很高的一致性和可重复性。因此,从目前的角度来说,这两个平台在技术层面上用于精准医学检测不相上下。

基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序
基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序

C.??从实际检测效率和后期验证情况来看,有一系列的文章通过实际数据显示,芯片在转录组层面检测灵敏度大于测序。在针对转录组表达检测时,目前市场上主推的6G数据量的RNA-seq,对于检测高丰度基因,是足够了,但是,当面对中低表达丰度基因时,它的灵敏度就没有芯片好了。

基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序
基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序

因此,在针对转录组检测时,特别是针对表达丰度更低的基因时,目前市场上主流的推荐数据量得到的数据,质量相对来说还是稍微比芯片差一些。

D. 从针对特殊检测对象的来说,测序的技术原理导致其分辨率低于芯片。如lncRNA的检测,测序是通过测到序列,进行拼接和分析来反应是否存在某个lncRNA,是否在样本间有差异。那么问题来了,有些lncRNA和mRNA是有很多的重叠区域,而lncRNA的本身表达丰度低导致不可能对一个lncRNA的所有碱基都测到。

基因芯片测序 理性看待基因芯片与高通量测序

因此,在这种情况下,就无法把lncRNA和mRNA进行精确区分而流失很多信息。而芯片就不同了,由于芯片是针对每一个lncRNA和mRNA的特异性区域设计的探针,所有就能进行特异性的区分了。因此,就这个角度来说,针对一些特殊RNA成员,如非编码RNA,芯片还是有明显优势的。

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